科研机构
截至2014年，东京大学设有2个国际高等研究所、12个尖端研究中心、16个直属科研机构，在11个附属研究所建有47个高水平研究中心，在研究生院建有30余个附置科研机构。 [21]
国际高等研究所
カブリ数物连携宇宙研究机构 [22]
サステイナビリティ学连携研究机构 [23]
独立研究中心
低温实验中心
放射性同位素综合研究中心
环境安全研究中心
人工物工学研究中心
生物生产工学研究中心
亚洲生物资源环境研究中心
大学综合教育研究中心
空间情报科学研究中心
情报基础研究中心
基本粒子物理国际研究中心 [24]
大规模集积系统设计教育研究中心
未来政策研究中心
直属研究机构
地球観测データ统融合连携研究机构
放射光连携研究机构
创薬オープンイノベーション中心
ナノ量子情报エレクトロニクス研究机构
知の构造化中心（ネットワーク）
海洋基础生物学研究推进中心
海洋アライアンス
大学発教育支援コンソーシアム推进机构
高齢社会総合研究机构
IRT研究机构
トランスレーショナル・リサーチ・イニシアティブ
フューチャーセンター推进机构
生命科学ネットワーク
マイクロ・ナノ多机能デバイス研究ネットワーク
日本・アジアに関する教育研究ネットワーク [25]
东京大学文书馆
附属研究所
医学研究所
生产技术研究所
物性研究所
地震研究所
史料编纂所
大气海洋研究所
东洋文化研究所
分子细胞生物学研究所
先端科学技术研究所
社会科学研究所
宇宙线研究所 [26]
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科研概况
科研经费
东京大学2012年全年在研项目4971个，政府资助科研经费到款233.2亿日元 [27]；与外界合作研究及受委托研究项目2632个，获科研经费310亿日元；另受外界捐赠资金15235笔，共计86.9亿日元。 [28]
科研经费研究领域
件数
到款金额（百万日元）
* 特别推进研究
25
2,250
特定领域研究
16
140
* 新学术领域研究
314
5,363
* 基盤研究（S）
93
3,349
* 基盤研究（A）
295
3,282
* 基盤研究（B）
402
1,816
*　基盤研究（B）（一部基金分）
201
1,375
* 基盤研究（C）
187
201
* 基盤研究（C）（基金分）
448
775
* 挑戦的萌芽研究
22
25
* 挑戦的萌芽研究（基金分）
461
842
* 若手研究（S）
9
130
* 若手研究（A）
106
705
* 若手研究（A）（一部基金分）
48
481
* 若手研究（B）
91
94
* 若手研究（B）（基金分）
650
1,110
* 研究活动スタート支援
128
184
奨励研究
32
16
特别研究促进费
8
5
研究成果公开促进费
13
85
特别研究员奨励费
1,420
1,079
* 学术创成研究费
2
12
计
4,971
23,319
区分
件数
受入额(百万円)
民间等との共同研究
1,412
5,067
受托研究
国・竞争的资金
511
11,975
国・竞争的资金以外
470
13,363
国以外からの受托
239
934
小计
1,220
26,272
寄附金
15,235
8,680
合计
17,867
40,019
影响因子
在2014年3月《自然》发布的年度报告中，东京大学2013年《自然》杂志高质量论文的贡献指数排名第8；在《sciencewatch》发布的1999-2009十年间论文引用排名中，东京大学位列第11。
Institution
CC3
Articles4
1.
Harvard University, USA
158.99
387
2.
Massachusetts Institute of Technology (MIT), USA
84.68
228
3.
Stanford University, USA
80.21
170
4.
National Institutes of Health (NIH), USA
73.46
181
5.
Max Planck Society, Germany
70.65
216
6.
Chinese Academy of Sciences (CAS), China
63.15
165
7.
French National Centre for Scientific Research (CNRS), France
59.37
297
8.
The University of Tokyo, Japan [29]
57.19
128
9.
University of California San Francisco (UCSF), USA
49.81
107
10.
University of Cambridge, UK
48.52
151
1999年——2009年十年引用率排名
排名
科研机构
论文总数
引用总数
平均引用数
1
哈佛大学
95,291
2,597,786
27.26
2
马克斯·普朗克学会
69,373
1,366,087
19.69
3
约翰霍普金斯大学
54,022
1,222,166
22.62
4
西雅图华盛顿大学
54,198
1,147,283
21.17
5
斯坦福大学
48,846
1,138,795
23.31
6
加州大学洛杉矶分校
55,237
1,077,069
19.5
7
密歇根大学
54,612
948,621
17.37
8
加州大学伯克利分校
46,984
945,817
20.13
9
加州大学旧金山分校
36,106
939,302
26.02
10
宾夕法尼亚大学
46,235
931,399
20.14
11
东京大学 [30]
68,840
913,896
13.28
12
加州大学圣地亚哥分校
40,789
899,832
22.06
13
多伦多大学
55,163
861,243
15.61
14
伦敦大学学院
46,882
860,117
18.35
15
哥伦比亚大学
43,302
858,073
19.82
16
耶鲁大学
36,857
833,467
22.61
17
麻省理工学院
35,247
832,439
23.62
18
剑桥大学
43,017
811,673
18.87
19
牛津大学
40,494
766,577
18.93
20
威斯康星大学麦迪逊分校
50,016
760,091
15.2
先端研究
能源开发研究
日本政府每年投放多达80亿日元给东京大学、京都大学、九州大学等数所大学进行核聚变的基础论研究，以此进行新能源的开发；东京大学的理学部、原子能所、工学部等单位联手进行加速器科学、基本粒子、原子能等方面的理论与工程研究并已取得了初步的成果。
宇航研究
以东京大学宇宙线研究所为依托单位，由日本政府每年拨款百余亿日元设备制造费和试验费，东大已发射了14颗卫星和多颗运载火箭，进行极光观测、探测行星和地球磁场、开展天文物理及无人宇宙实验室的试验。
地震火山研究
东京大学的地震火山研究活动在世界处于领先地位，此项综合研究由政府每年拨款20亿日元进行，并在东京大学建立全国性的地震变化资料处理中心、在全国各地地震火山多发地区均设立了装置先进、预测可靠的观察所。该校设立有东京大学地震研究所。
海洋研究
东京大学的海洋研究于1967年在一艘大型海洋勘察船上开始，而后又同美国财团合作，建造了一艘更为先进的科考船进行深海钻探、重大海洋地壳构成、海底生态、海底资源开发等领域的研究工作；此外日本文部省数次拨款组织东京大学等校研究人员参与南极的综合科学考察。
癌研究
早在1983年日本政府就提出了“癌研究十年计划”，并交付由东京大学、东北大学、大阪大学等院校联合美国有关研究机构合作实施。研究围绕致癌原因、诊断方法、治疗途径三方面展开，还涉及生物化学、遗传学、核物理学等领域，东京大学医学团队是该项研究的中坚力量。
学术资源
馆藏资源
东京大学图书馆创立于1877年，原馆在1923年的日本关东大地震中付之一炬。新的总图书馆于1928年受洛克菲勒基金资助兴建；整个东京大学图书馆系统包括总图书馆及60余个系所分馆。
截至2013年，东京大学图书馆馆藏图书合计926万册，其中日文图书488万册，外文图书428万册，有各类学术刊物16万册；2012年全年购入及受捐图书文献共计15万9千余册。 [31]
博览馆所
総合研究博物馆 [32]
総合研究博物馆 小石川分馆
驹场博物馆（大学院総合文化研究科・教养学部）
健康と医学の博物馆（大学院医学系研究科・医学部）
农学资料馆（大学院农学生命科学研究科・农学部）
农场博物馆（大学院农学生命科学研究科・农学部）
近代医科学记念馆（医科学研究所）
大学院理学系研究科附属植物园（小石川植物园）