院系专业
京都大学现共有10个学部，各学部所属系科及附属设施有文学部，含文学、史学、哲学及人际学4系，共51个讲座
学部设置
京都大学现共有10个学部，各学部所属系科及附属设施有文学部，含文学、史学、哲学及人际学4系，共51个讲座，并设有文学博物馆、中亚研究所等；
教育学部，含教育学、社会学、心理学3系，共14个讲座；
法学部，仅有法律学一个系，含公法、民刑法、基础法学及政治学4科，共39个讲座。附属图书馆中设国际政治法律文献中心；
经济学部，含经济学、经营学2系，共11个讲座；
理学部，为京都大学最大的学部之一，几乎包括自然科学各个领域，包括数、理、化、生、宇宙、地球科学等9个系，共70个讲座。各系既相互独立又相互交叉。设施有两个天文台，8个火山、地震、气候、天体学等方面的观测所，4个海洋实验所，一个植物园等；
医学部，含有基础和临床两大分部的若干系科，共有39个讲座。附属机构有校医院、脑神经研究、免疫学研究设施、人体先天异常标本中心、综合解剖中心、动物实验设施等；
工学部，是京都大学最庞大的学部，含24个系，168个讲座。研究领域涉及冶金、电气、自动化、航空、机械、原子能、土木建筑、化工、交通、信息工程等。附属机构有离子工程、自动化研究所、环境微量污染防治、重质炭资源转换等工程研究设施；
药学部，含药学、制药化学两系，共13个讲座，附设药用植物园；
农学部，含10个系，53个讲座，并有附属农场、林场、牧场、及供农学研究、亚热带作物、水产、细胞培养、农业会计等方面进行研究的设施等。
学部设置
学系
综合人类学部
人类科学系、国际文明学系、文化环境学系、认知情报学系、自然科学系
文学部
人文学科
经济学部
经济学、经营学
药学部
药学系、制药化学系
法学部
基础法学系，公法学系，民刑事法学系，政治学学系
教育学部
教育学、社会学、心理学
工学部
地球工学科，建筑学科，物理工学科，电气电子工学科，信息学科，工业化学科含24个系
理学部
数、理、化、生、宇宙、地球科学等9个系
农学部
含10个系
医学部
基础医学系、临床医学系
学科建设
研究生院设置 [9]
研究生院设有文学、教育学、法学、经济学、理学、医学、工学、农学、信息学等14个研究科，包含83个研究方向。研究生教育与学部教育结合在一起，这样可以充分利用人力、图书馆情报资料、仪器设备等资源，学部、研究生院各科、研究所三位一体，对出成果和人才培养均有利。
研究学科
专业名称
文学研究科
文献文化学，思想文化学，历史文化学，行动文化学，现代文化学
教育学研究科
教育科学，临床教育学
法学研究科
基础法学，公法，民刑事法，政治学
经济研究科
经济系统分析，经济动态分析，组织经营分析，现代经济学
理学研究科
数学及数理解析，物理学及宇宙物理学，地球行星科学，化学，生物科学
医学研究科
医学，社会健康医学系，人体健康科学系
药学研究科
药科学，医药创成信息科学
亚非地域研究研究科
东南亚地域研究，非洲地域研究，全球地域研究
信息学研究科
智能信息学，社会信息学，复杂系科学，数理工学，系统科学，通信信息系统
生命科学研究科
综合生命科学，高等生命科学
地球环境学堂
地球环境学，环境管理
经营管理大学院（MBA）
-
工学研究科
土木工学，土木系统工学，资源工学，环境工学，环境地球工学，建筑学，生活空间学，机械工学，机械物理工学，精密工学，原子核工学，材料工学，航空宇宙工学，电气工学，电子物 性工学，材料化学，物质能量化学，分子工学，高分子化学，合成・生物化学，化学工学
农学研究科
农学，森林科学，应用生命科学，应用生物科学，地域环境科学，生物资源经济学，食品生 物科学 [10]
师资力量
据1990年5月统计，京都大学的在校生中，本科生13,056人，其中女生1,629人；研究生中，读博士课程1,799人，硕士课程2,283人；另外还有附属电子医学技术短期大学学生562人。
到1987年5月止，京都大学授予各种类型的博士学位19,663人。同期，全校共有教职员工5,433人，包括校长1人，职员2,833人,教授700人，副教授678人，讲师152人，助教1,059人。京都大学是一所国立大学，基本上由国家拨款，办学经费充足，自创收入亦很可观。在1989-1990年度，共支出798多亿日元，其中用于人员支出近419多亿日元，用于设备材料等支出近380亿日元。学校各项收入来源有：大学医院服务146亿元；学生学费收入56亿多日元；其他收入33亿日元。另外还有科学研究补助费43亿多日元。
到1987年5月止，全校共有教职员工5,433人 [11]
教员人员
人数（人）
校长
1
教授
700
副教授
678
讲师
152
助教
109
优势学科
根据日本大学偏差值（入学难度）的排名，京都大学在绝大部分学科上的难度都是与东京大学并列第一。其中医学部，工学部，理学部是京都大学的优势学科，为日本甚至亚洲顶尖水平。其医学部诞生过多名诺贝尔奖生理医学奖得主，工学部工业化学科诞生过多名诺贝尔化学奖得主。经济学部，经管大学院等其他专业相对来说略显逊色，但仍然稳坐日本前三的位置。
办学模式
培养独立自主精神
京都大学自古以来就有独立自主办学的优良传统，建校初始，当时的文部大臣和京都大学的首任校长木下广次就强调京都大学一定要办出自己的特色。要“比东大更尊重学生的独立自主精神”。
1913年，抗议校长独断专行的“柳泽事件”，导致了校长选举制度的产生。
1928年，法学部泷川教授被解雇引起全校沸腾，抗议军国主义践踏民主和对爱国教师的迫害。
为了探求真理就要争取自由研究的权利，同样也只有有了这种权利才能保证自由学风的实行。有的京大学生说：“在这里学习有种自由感，校方在学习和生活上从不施加过多的压力，有志者致学，无志者尽兴，各听其便，互不干扰。”因此，日本国内就有一种流行的说法：“想读书就去京大。”这种学风体现在教学上就是弹性的管理原则，全校实行选课制，这个制度是法学部在20年前创设的。据此学生可以打破学年的界限，只要取得规定的学分就可以毕业，且取得学分不一定要经过考试，撰写论文报告亦可取得学分。以理学部为例，在两年的专业课程的学习中，由学生自己选择最适合的专业基础课程组合学习，然后再确定重点专业方向。专业基础课程组合分为数学类、物理类、化学类、生物类四大块，由学生任选一块。两年专业课程组合分下列四种类型搭配：自然科学展望、共同基础学科、专业基础、专业课。对外来的留学生、本科生实行自由转学和互换学分的制度。
培养具有独立思考和判断能力的人
自由的学习气氛和严谨的学风并不矛盾，学校始终认为：学习是自愿自觉的行动，要靠自己的责任感和不懈的努力，京大的特色就是要培养具有独立思考和判断能力的人。因而在这种学术氛围里用不着担心这种“过分”的弹性会导致放任自流。事实上，在京大要想拿到学位要比其他学校（包括东大）困难得多。
同时，京都大学位于日本历代的古都，有着悠久的日本传统历史和文化；远离首都的政治中心和繁华的大城市，为学者准备了潜心治学的理想场所；优美的校园自然环境；京都人那种“优哉游哉”的生活方式，这些独特的学术环境与京都大学成果累累、人才荟萃都是分不开的。
办学理念
研究
1.京都大学以自由自主的研究为基础，通过高理论性的研究活动，为世界创造更多先进知识。
2.京都大学作为一所综合性大学，实现了基础研究、应用研究、文科系以及理科系的研究等多样全面发展。
教育
3.京都大学作为拥有多样性以及和谐性的教育体系，在注重交流的前提下实现自主学习，使学生在习得卓越知识的同时能够拥有创造性精神。
4.京都大学通过素质教育培养学生的丰富人性以及责任感，为地球以及社会的和谐共存做出贡献。培养更多优秀学者以及拥有专业知识的人才。
与社会间的关系
5.京都大学作为一所开放大学，在与地方社会进行密切合作发展的同时，着力于将知识应用以及传播到社会中。
6. 京都大学作为一所面向全球的大学，不断加深与国际的交流，立志为地球以及社会的和谐发展做出贡献。
学校运营
7.京都大学为了促进学术自由发展，将会进一步重视教育研究组织的自治性，实现全校的和谐共荣。

8.京都大学在推行重视环境、尊重人权的运营方式的同时，将会履行对社会的说明职责。

实行对外开放，重视国际交流，亦是京都大学在国际上知名度不断提高的一个重要原因。京都大学每年要派出近百名研究生出国学习。至于教员出国研究、调查、讲学、参加国际会议等活动则更多，每年超过1500人次。学校鼓励以个人、系、专业、研究等多种形式对外交流和开展合作，包括邀请国外学者携带课题来京大进行长期或短期合作研究。到1990年5月止，京都大学已接收来自世界55个国家和地区的764名留学生、600名访问学者和研究人员，并同中国的清华大学、北京大学、同济大学、武汉大学、复旦大学等校签订了校际交流协议。2018年7月3日，京都大学高等研究院代表团一行来访上海科技大学物质科学与技术学院，双方签署了学术合作备忘录并举行了联合学术研讨会。